כל ניסיונות היישוב והנהגתו למנוע את הגירוש, בארץ ובבריטניה, לרבות הפגנות, חתימה על עצומות, מאמרים בעיתונות ופניות לראשי הממשל הבריטי – לא הניבו כל תוצאה. החוגים האקטיביסטים בהנהגה הגיעו למסקנה שנותרה רק דרך אחת למנוע את הגירוש: חבלה בספינה, שתמנע את הפלגתה לזמן רב.
המשימה הוטלה על מטכ"ל ההגנה. יעקב דוסטרובסקי (דורי), רמטכ"ל הארגון ולימים הרמטכ"ל הראשון של צה"ל, הורה ליצחק שדה, מומחה ההגנה לפעולות מיוחדות ובעל ניסיון בטיפול בחומרי נפץ, להוציא את החבלה הזו אל הפועל. כל החישובים הבטיחו לכאורה שלמעפילים המגורשים לא יאונה כל רע. המדובר היה במטען קטן, שהיה אמור לפעור חור לא גדול בדופן אוניית הגירוש, "פַטְרִיָה", דבר שישבש את תוכניות הגירוש של הבריטים ויאלץ אותם להוריד את המעפילים לחוף.
אולם הרע מכל קרה. בדיעבד התברר ש"פטריה", אניית-נוסעים גדולה ומודרנית שהייתה שייכת לחברה צרפתית ונפלה בידי הבריטים לאחר כניעת צרפת בקיץ 1940, נבנתה מחומרים מיושנים והמטען הקטן יצר בה חור בגודל של כמה מטרים רבועים. כמויות אדירות של מים חדרו תוך דקות לגוף הספינה, הפכו אותה על צידה והיא טבעה על כ-1,800 המעפילים שהעבירו הבריטים אליה עד אז, וכ-200 חיילים בריטיים ששמרו עליהם.
פעולות החילוץ היו מהירות והשתתפו בהן חיילים בריטים, עובדי הנמל ושירותי החירום של הנמל ושל העיר חיפה. כשנספרו הניצולים התברר כי 267 מהמעפילים נעדרים. מספר הגופות שנמצאו עמד על 156 וההערכה הייתה שכמה עשרות חמקו מהנמל בעת המהומה האדירה שהשתררה בעקבות שקיעת "פטריה" וגופות נוספות נותרו בבטן הספינה הטבועה. לאור זאת, ההנחה הייתה שבאסון ניספו למעלה ממאתיים מעפילים.
אבל כבד ירד על היישוב. מפה לאוזן עברה הידיעה שהפיצוץ הוא מעשה של "עבודה עצמית" והחלו להישמע ולהתפרסם דברי ביקורת. בשבועון "הפועל הצעיר", ביטאונה של המפלגה הגדולה ביישוב בעת ההיא, מפא"י, כתב אחד הפובליציסטים הנודעים של המפלגה, ישראל כהן (שחתם בכינוי אלשי"ך): "ביום מר ונמהר אחד הטביעה יד זדונית את האניה וגרמה לפציעת אנשים ולמיתתם".
הרמטכ"ל דורי ראה בפרסום בעיתון המפלגתי המהימן והשקול בדרך כלל דבר חמור מאין כמותו ובשיחה סגורה הביע את הדעה שפרסום המאמר הוא "מעשה נבָלה" ושכותבו "ראוי לסטירת לחי".
מכאן ואילך התגלגלו הדברים באורח מסחרר: אחד הנוכחים בפגישה האמורה היה יוסף חריט, מאנשי "השומר" והפו"ש. הוא יצא מהחדר, נתקל במסדרון בשני צעירים שמילאו תפקידי-שירות במטכ"ל, עמוס בן-גוריון (הבן של) ומ. כהן (בשום מקור לא מופיע שמו הפרטי), ואמר להם, כאילו מדובר היה בהוראה: "לכו ללוּפְבָּן ותנו לו סטירה". יצחק לופבן היה עורך "הפועל הצעיר" זה קרוב לעשרים שנה, והוא נמנה עם יוצאי מפלגת "הפועל הצעיר" במפא"י, שבימינו היו זוכים לתואר "יונים".
השניים מיהרו למלא את ההוראה. הם הגיעו למערכת השבועון ושאלו מי העורך (וכנראה שלא ידעו כלל מי כתב את המאמר). לאחר שהופנו לחדרו של לופבן, תבעו ממנו להתנצל. לופבן סירב ועמוס בן-גוריון סטר על לחיו.
המעשה עורר סערה ונדון בפורומים פוליטיים וביטחונים סגורים. לא הועילה התנצלותם של עמוס בן-גוריון וכהן חברו. המפקדה הארצית של ההגנה, גוף פוליטי שהיה ממונה על המטכ"ל, מינתה ועדת חקירה בהרכב הרמ"א (ראש המפקדה הארצית) לשעבר יוחנן רטנר, חבר המ"א משה סנה וברוך אדיר (שינקורבסקי). אדיר נפטר במפתיע ביום התכנסותה הראשונה של הוועדה ושני חבריה האחרים המשיכו לחקור את הפרשה.
העד הראשי היה הרמטכ"ל דורי, שלא הסתיר ולא הכחיש דבר. אכן, הוא התבטא בחריפות, אם כי בחדר סגור, נגד כותב המאמר, והוא מוכן ליטול על עצמו את האחריות למה שקרה. ברור שהוא לא הורה לפגוע בלופבן. במסקנותיה קבעה הוועדה כי דורי הוא "האחראי לעלבון הפיזי" שנגרם לעורך "הפועל הצעיר", אך אין להאשימו בכוונה לנצל את מעמדו וסמכותו לשם מתן פקודה שרירותית מעין זו כפי שהובנה על-ידי שני הצעירים. דורי הודה באשמה והביע את צערו על שהשניים הבינו כאילו ניתנה להם הוראה מטעם הפיקוד הבכיר. הוא הוסיף כי הוא שולל לחלוטין את השימוש באלימות כדרך ליישוב חילוקי-דעות וסכסוכים בין בני אדם.
ועדת השניים, רטנר וסנה, קבעה כי דורי "מעולם לא חטא לסמכותו ולכבודו של הארגון, ואף לא נכשל בעבֵרה לגבי העקרונות התרבותיים והמוסריים בשטח הציבורי". עם זאת, "כמפקד הדורש אחריות מאחרים, חייב דוסטרובסקי לשמש מופת של נכונות לשאת באחריות בשל רשלנותו ולבוא על עונשו". העונש שקבעה הוועדה לדורי היה סמלי, אם כי חמור בהתייחס למעמדו הבכיר: יום של מעצר בית.
עד כמה שידוע, הנושא הרגיש הזה נדון וסוכם בחדרי חדרים ובאמצעי התקשורת של הימים ההם אין למצוא עליו מילה וחצי-מילה.
בתצלום: "פטריה" נוטה על צידה בנמל חיפה, דקות לאחר הפיצוץ ולפני שטבעה.
