לתהליך הייצור (שחלק מהמכונות הדרושות לו נרכשו כבר ב1938) נדרשו שני תנאים:
- מקום נרחב בו ניתן למקם את כל המכונות, החומרים ואמצעי הביקורת.
- מקום מוסתר ומוסווה מפני גילוי בידי הבריטים.
מפקדת ה'הגנה' החליטה על הקמת מכון תת קרקעי ב'גבעת הקיבוצים' שבין רחובות לנס ציונה, מקום הכשרה לגרעיני התיישבות לפני עלייתם על הקרקע.
לאחר שהגבעה הוכשרה מחדש למגורי גרעין מתיישבים ונבחרה הקבוצה המתאימה - קבוצת 'הצופים' א (הקימו מאוחר יותר את מעגן מיכאל), הושלמו עבודות החפירה והיציקה בתוך 22 יום. המכון, שתוכנן בידי המהנדס יוסף אידלמן, הוקם בתוך בור בעומק 8 מ' , השתרע על שטח שאורכו 33 מ', רוחבו 8 מ', גובהו 3,5 מ' ועובי קירותיו 0,5 מ'. המבנה כולו כוסה בעפר והושארו שני פתחים חשאיים. על פתח אחד ניצב תנור אפיה גדול, שהופעל בידי חברי הקיבוץ, אשר שיווקו את הלחם לכל הסביבה. על הפתח השני ניצבה מכונת כביסה, שגם היא שירתה את האזור והופעלה בידי חברות הקיבוץ.
רק החברים והחברות שעבדו במכון ידעו על קיומו. רעש מכונת הכביסה ושכבת מזרונים שהוצמדה לתחתית התנור החרישו את רעש המכונות ואפשרו את שמירת הסודיות בדבר קיומו של המכון, שאפילו חלק מחברי הקיבוץ לא היו שותפים לה. כשהחלו, בקיץ 1947, ההכנות לאפשרות של עימות כולל עם הערבים, הובאה לגבעה הכשרת פלמ"ח חפצי-בה לתגבור העובדים במכון.
עד מלחמת העצמאות יוצרו במכון, בהנהלתו של פסח (אברמוביץ) אילון, 2,25 מליון כדורי 9 מ"מ. תחמושת שהייתה חיונית ביותר ללוחמים בשלב הראשון של המלחמה.
עד 1963 שימשה הגבעה אכסניה לגורמים שונים של התעשייה הביטחונית של מדינת ישראל. לאחר מכן הגבעה נעזבה וננטשה. מ-1975 החלה פעילות של גופים שהייתה להם זיקה למקום, למען שיקום ושימור האתר.
ב-1986 הוקם ועד ציבורי ביוזמת חבר הצופים א לשעבר, שלמה הילל. לועד נשלחו נציגים מן התעשייה הצבאית, ארגון חברי ה'הגנה', קיבוץ מעגן מיכאל, עיריית רחובות, מכון וייצמן למדע, הקק"ל, החברה להגנת הטבע והמועצה לשימור מבנים ואתרי התיישבות, אשר קיבלה על עצמה את משימת השיקום.
המוזיאון נחנך ב-1987 והאתר מוחזק ומופעל בידי אנשי בי"ס שדה 'שורק', שהתמקם בגבעה.
כיצד מגיעים?
בצומת "קריית ויצמן" לתעשיות עתירות מדע, בכביש רחובות - נס ציונה, נראה שלט ועליו הכתובת: "מוזיאון מכון איילון". נכנסים ל"דרך וייסגל", עוברים לאורכה עד קצה, פונים ימינה ועולים לגבעה עטורת עצים. זוהי "גבעת הקיבוצים". שלטים נוספים מובילים למגרש החניה הסמוך לאתר.
מה בגבעה?
בגבעה מצויים המבנים של הקיבוצים ששכנו בה בעבר, (באחד מהם שוכן בית ספר שורק) ומבנים מאוחרים. הגבעה טובלת בירק ועצים שניטעו בעבר בין הבתים, והחורשות ניטעו סביב להם.
לנוחות המבקרים: מגרש חניה, פינות ישיבה בחורשה, מתקני שתייה ושירותים (אין להבעיר אש).
ניתן לרכוש במשרד האתר חוברת "טייל בעצמך", הכוללת טיול במספר אתרים סמוכים, הקשורים בתולדות רחובות: תחנת הרכבת, הפרדס הראשון, חורשת הצופים וגשר הרכבת.
