בימי המנדט הבריטי הפך הבניין לבית הסוהר המרכזי. בין השנים 1920-1948 נכלאו כאן מאות מאסירי המחתרות - ה"הגנה", האצ"ל ולח"י שנתפסו במאבק להגנת היישוב, לעליה חופשית ולמדינה עברית.
המוזיאון הוא שיחזור הכלא המנדטורי ובו תאי האסירים, תאי צינוק, חדר גרדום, בית כנסת, בתי מלאכה וחדרי שירות שונים. כמו כן, קיימת תצוגת "תקוות ואכזבות" הממחישה את המאבק ב"ספר הלבן" וסיבותיו, ותערוכת עבודות יד שנעשו בידי אסירים ואסירות בתקופת המנדט.
הסיור במסדרונות הכלא והסרטון המוקרן, מתמקדים בסיפוריהם האישיים של מספר אסירים, מה"הגנה" מהאצ"ל ומלח"י, ובאמצעותם ניתן ללמוד ולחוש את רוח התקופה.