הנחיית ראש הממשלה ושר הביטחון, למנהל הארכיון מה- 19 בדצמבר 1948 הייתה, כי "ארכיון הצבא", כפי שהוא נקרא, "ירכז אליו לא רק את החומר על צבא הגנה לישראל וקודמיו בארץ (הגנת הישובים היהודיים מימי יסוד פ"ת, השומר, הלגיון העברי, ההגנה לכל סעיפיה וכו') אלא גם על תולדות ההגנה העצמית בכל תפוצות הגולה וכן השתתפות היהודים במלחמות שחרור לאומיות ובין לאומיות וחלקם של היהודים בפיתוח האומנות והטכניקה הצבאית."
סמוך להקמת הארכיון פורסמה פקודת מטכ"ל מס' 8/3 הקובעת, בין השאר, כי "…כל חומר של צבא ההגנה אשר אין בו צורך אופרטיבי יש להעביר לארכיון עד 31.8.48. מאז הותקנו פקודות מטכ"ל נוספות המגדירות את היחסים בין צה"ל לבין ארכיון צה"ל.
מאז הקמתו מועבר לארכיון צה"ל ומערכת הביטחון תיעוד מכל סוג שהוא - תיקים, קלטות קול ווידאו, תצלומים, מפות, שרטוטים וכדומה - שנוצרו ביחידות צה"ל השונות. ארכיון צה"ל משמש גם כמגנזה לצה"ל, והוא מחזיק ברשומות פעילות ופעילות למחצה שעדיין נדרשות לעבודה השוטפת של יחידות צה"ל ומערכת הביטחון. עקב כך, ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון מאתר תיעוד ומידע לא רק למטרות מחקר אלא גם לצורכי עבודתה של מערכת הביטחון. חומר ארכיוני של יחידות משרד הביטחון מגיע לארכיון צה"ל ומערכת הביטחון לאחר ששהה תקופה ממושכת במגנזה של משרד הביטחון.
ברוח הנחייתו של בן גוריון, מצוי בארכיון צה"ל ומערכת הביטחון חומר ארכיוני אודות גופים וארגונים שפעלו למען ביטחון היישוב בטרם מדינה, ובהם הארגונים הטרום צה"ליים - ה"הגנה", יחידות הפלמ"ח, האצ"ל והלח"י. רוב התיעוד של תקופת המעבר מהמחתרת לצה"ל , תוך כדי מלחמת העצמאות, מצוי בארכיון צה"ל ומערכת הביטחון. יחד עם זאת ראוי לציין, כי הארכיון לתולדות ה"הגנה" שהנו חלק אורגני של ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון, מכיל אף הוא תיעוד חשוב מאוד אודות ארגון ה"הגנה", מלחמת העצמאות והמעבר לצה"ל. ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון קיבל לאחרונה לאחריותו את ארכיון הלח"י שב"בית יאיר" בתל אביב. גם ארכיון הפלמ"ח שהולך ומוקם בבית הפלמ"ח יהיה משולב בארכיון צה"ל ומערכת הביטחון.
ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון הנו מרכז המידע הגדול ביותר במדינת ישראל לנושאי צבא וביטחון. ניתן למצוא בו מגוון רחב של נושאים שהעסיקו ומעסיקים את החברה בישראל, נוסף על התחומים הצבאיים, ובהם נושאי חינוך, הדרכה, רפואה, כלכלה, ועוד. מתוך כך מהווה ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון אחד המרכיבים החשובים ביותר בשמירת הזיכרון הקולקטיבי והמורשת התרבותית של החברה בישראל.
ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון הנו יחידה במשרד הביטחון.
הממונה על ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון כפוף לסמנכ"ל וראש אגף תקשוב וניהול מערכות מידע במשרד הביטחון.
